Megawati Soekarnoputri dilantik sebagai presiden pada tanggal 31 Juli 2001. Tugas yang dihadapi Megawati dalam menjajakan pemerintah cukup berat karena harus menyelesaikan masalah ekonomi dan menegakan hukum. Hal-hal yang dilakukan saat pemerintahan Megawati, antaara lain:
a. Era pemerintahan Orde Baru telah mewariskan utang sebesar US$ 150,80 miliar (pemerintahan dan swasta). Kebijakan presiden untuk hal ini adalah meminta penundaan pembayaran utang sebesar US$ 5,8 miliar pada pertemuan Paris Club ketika tanggal 12 April 2002. Pada tahun 2003, pemerintah menganggarkan pembayaran utang luar negeri sebesar 116, 3 triliun. Menurut kebijakan tersebut, utang Indonesia berkurang menjadi US$ 134,66 miliar. Salah satu keputusan pemerintah yang penting pula adalah Indonesia menghentikan kerja samanya dengan IMF
b. Sejak krisis ekonomi tahun 1997, pendapatan per kapita Indonesia hanya US$ 465. Berkat kebijakan pemulihan situasi keamanan, Indonesia menjadi tenang sehingga pemerintah berhasil menaikan pendapatan per kapita menjadi sekitar US$ 930.
c. Ketenangan Megawati juga di sambut oleh pasar, tidak sampai satu bulan setelah di lantik, kurs melonjak ke Rp. 8.500,00 per dolas AS. Indeks Harga Saham Gabungan (IHSG) juga terus membaik hingga melejit ke angka 800.
d. Dalam menyikapi agar terjadi pertumbuhan ekonomi dan menekan laju inflasi, presiden melakukan langkah yang terbilang kontroversional, yaitu dengan melakukan privatisasi BUMN di tahun 2003. Saat itu, indosat dijual dan terbukti mampu menaikkan pertumbuhan ekonomi 4,1% dan iflasi hanya 5,06%. Privatisasi adalah penjualan perusahaan negara dalam periode krisis. Tujuannya adalah melindungi perusahaan negara dari intervensi-intervensi politik dan pembayaran utang negara.
e. Memperbaiki kinerja ekspor. Pada tahun 2002 nilai ekspor mencapai US$ 57,158 miliar dan impor tercatat US$ 1,229 miliar. Pada tahun 2003 ekspor juga menanjak ke angka US$ 61.02 miliar dan impor meningkat ke angka US$ 32,39 miliar
f. Kebijakan pemerintah untuk memberantas korupsi adalah dengan mendirikan Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK). KPK dibentuk 2003 melalui Undang-undang No. 30 Tahun 2002. KPK merupakan lembaga hukum negara yang mempunyai hak antibodi atau kekebalan terhadap intervensi kekuasaan sehingga diharapkan KPK mampu melakukan pemberantasan korupsi dengan bersih. Kinerja KPK mengalami peningkatan sietiap tahunnya, hal ini terbukti dengan banyaknya kasus korupsi yang dapat di ungkap KPK. Akan tetapi, KPK masih dianggap tebang pilih dalam memberantas korupsi di Indonesia.
Presiden Megawati dianggap sebagai peletak dasar kehidupan demokratis. Hal ini terlihat dari pelaksanaan pemilu 2004 yang berjalan aman dan damai. Selain itu, pemilu 2004 juga merupakan pemilu yang memilih anggota legislatif dan pasangan presiden wakil presiden secara langsung. Pemilu legislatif adalah pemilu tahapan pertama dari rangkaian pemilu 2004. Pemilu legislatif ini diikuti oleh 24 parpol dan dilaksanakan tanggal 5 April 2004. Pemilu ini bertujuan memilih parpol sebagai syarat pemilu presiden. Anggota parpol peserta pemilu akan dicalonkan sebagai anggota legislatif DPR, DPRD, dan DPD. Parpol yang mendapatkan suara 3 % atau lebih besar berhak mencalonkan pasangan presiden dan wakil presiden ke pemilu pemilihan presiden dan wakil presiden.
Hasil pemilu legislatif 2004, antara lain: Golkar 128 kursi, PDI perjuangan 109 kursi, PPP 58 kursi dan partai Demokrat (PD) 57 kursi. Dalam pemilu presiden putaran pertama, ada 5 pasangan calon peserta pemilu. Mereka adalah Wiranto-Sholahuddin Wahid, Megawati-Hasyim Muzadi, Amien Rais-Siswono Yudhohusodo, Susilo Bambang Yudhoyono-Jusuf Kalla, dan Hamzah Haz-Agum Gumelar. Yang mendapat suara tertinggi adalah Susilo Bambang Yudhoyono-Jusuf Kalla dengan 33,57% suara disusul Megawati Soekarnoputri-Hasyim Muzadi dengan 26,61% suara. Karena belum ada yang mencapai suara 50% lebih, maka diadakan pemilu presiden tahap II dengan peserta dua kontestan peraih suara terbanyak seperti tersebut diatas. Hasil pemilu tahap II ini Megawati Soekarnoputri-Hasyim Muzadi memperoleh suara 39,38% dan Susilo Bambang Yudhoyono-Jusuf Kalla mendapat suara 60,62%. Jadi, yang menjadi presiden dan wakil presiden pasca pemilu masa periode 2004-2009 adalah Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) dan Wakilnya Jususf Kalla.
